La bactériothérapie fécale (BF), également appelée transplantation de microbiote fécal (FMT) ou transplantation de microbiote intestinal (IMT), est un type de thérapie utilisé depuis de nombreuses années pour traiter différentes affections, en particulier celles qui sont centrées sur le tube digestif. Elle est actuellement étudiée pour traiter des affections allant des maladies inflammatoires de l’intestin (MII), et de la colite ulcéreuse en particulier, au syndrome du côlon irritable (SCI) et à l’obésité. Toutefois, jusqu’à présent, son utilisation n’a pas été uniforme et son efficacité n’a pas été prouvée dans divers cas de maladies particulières.
La transplantation fécale se fait dans des cliniques spécialisées, elle n’est donc pas disponible partout et elle est actuellement réservée à des patients spécifiques. À la suite de certaines études qui ont montré que la transplantation fécale est prometteuse pour l’avenir en tant que thérapie, certaines personnes choisissent d’essayer de faire ce traitement à domicile.
Il existe de sérieux risques, notamment d’infection et d’autres effets indésirables dont nous ne connaissons même pas les conséquences potentielles à long terme.
Le Dr Neilanjan Nandi, gastro-entérologue chez Drexel Medicine à Philadelphie et leader d’opinion en matière de transplantation fécale, pose la question suivante : « Lorsqu’il s’agit de la santé de votre intestin, quelle foi voulez-vous accorder à l’expérience anecdotique des bricoleurs en ligne pour des indications non établies et sans données validées sur la sécurité des patients ?
Transplantation de microbiote fécal
La transplantation fécale est utilisée depuis 1958, date à laquelle elle a servi à traiter des patients qui luttaient contre de graves infections par la bactérie Clostridium difficile (C. difficile)
. La vie de ces patients était en jeu et les médecins ont eu recours à la transplantation fécale pour tenter de sauver leur vie. Cela a fonctionné.
Une transplantation fécale est à peu près ce qu’elle semble être : les selles d’une personne sont introduites dans le système digestif d’une autre personne.
Comment fonctionne la transplantation de microbiote fécal
Bien sûr, il ne s’agit pas d’un simple transfert de la matière fécale brute. Il y a plusieurs étapes à franchir pour que les selles soient prêtes à être transférées.
Les donneurs de selles doivent être soigneusement sélectionnés afin de prévenir l’introduction de maladies ou d’autres effets indésirables chez un receveur. Non seulement les selles des donneurs doivent être testées pour s’assurer qu’elles sont aussi sûres que possible, mais elles doivent également être traitées et mises sous une forme utilisable.
La Food and Drug Administration (FDA) américaine classe et réglemente actuellement les selles utilisées pour les transplantations fécales comme un « nouveau médicament expérimental ».
Il n’est pas approuvé pour un usage général et, dans certains cas, n’est pas couvert par les assurances, sauf pour le traitement d’une infection récurrente à C. difficile
.
Les risques de la transplantation fécale en bricolage
La composition bactérienne des selles est extraordinairement complexe. L’étude du microbiote est un domaine de recherche en pleine évolution. Il est possible que la flore intestinale de chaque personne soit si unique qu’elle serve presque d’empreinte digitale : il n’y a pas deux personnes exactement pareilles.
Les chercheurs commencent seulement à comprendre non seulement ce qui se trouve dans notre système digestif, mais aussi comment la génétique, l’environnement, l’alimentation et les maladies l’affectent au cours de notre vie. La grande question qui reste en suspens est celle de savoir comment la flore intestinale affecte notre santé et le développement des maladies.
Introduction d’agents pathogènes potentiellement nocifs
Sans un dépistage approprié, on ne sait pas ce qu’il peut y avoir dans les selles d’une personne. Même une personne apparemment en bonne santé et ne présentant aucun symptôme (digestif ou autre) pourrait avoir dans ses selles un élément potentiellement dangereux. Le contenu des selles d’un donneur peut comprendre quelque chose qui, chez une personne en bonne santé, ne pose pas de problème, mais pour une personne malade souffrant d’une infection, d’un problème digestif ou d’une maladie grave, cela peut avoir des conséquences imprévues.
On peut penser que l’utilisation des selles d’un parent proche (et surtout celles d’enfants) apportera un certain degré de certitude ou de sécurité. Même si le donneur est connu de la personne qui reçoit la greffe, il n’y a toujours pas de garantie que les selles ne contiennent pas quelque chose de potentiellement dangereux.
Sans les tests effectués par les scientifiques dans un cadre clinique, le contenu des selles ne peut être connu. Il y a trop de variables qui peuvent affecter le microbiote.
C’est pourquoi il n’est pas recommandé à quiconque d’essayer une transplantation de selles à domicile, sans la supervision d’un médecin.
Dommages au rectum ou au colon
Les autres risques liés aux transplantations fécales sont ceux qui découlent du fait de placer les selles là où elles doivent aller (dans l’anus, dans le rectum et au-delà). Faire l’intervention à la maison avec des selles qui n’ont pas été traitées par un laboratoire signifie probablement utiliser un lavement pour insérer les selles dans le rectum et/ou le côlon.
Même lorsque les transplantations fécales sont effectuées dans un cadre clinique par un médecin, il existe des risques de faire un trou (perforation) dans le rectum ou le côlon. Le fait de le faire à domicile sans la supervision d’un médecin ou d’un autre professionnel de la santé pourrait également exposer un patient à ces complications et à d’autres. En outre, pour être pleinement efficace, le matériel de transplantation fécale doit être délivré par coloscopie afin d’atteindre le bon côlon.
Comment les selles des donateurs sont sélectionnées
Le processus pour devenir un donneur de selles est long. Les donneurs sont généralement des adultes en bonne santé, âgés de 18 à 50 ans, et doivent d’abord répondre à une série de questions sur leur santé. Il y a ensuite un entretien en personne qui est réalisé. À ce stade, le donneur potentiel fait tester son sang et ses selles pour détecter tout ce qui pourrait être nocif, comme une infection par une bactérie ou un agent pathogène.
Il existe toute une série de critères d’exclusion, qui sont des conditions ou des choix de mode de vie qui feraient qu’un donneur potentiel ne serait pas autorisé à donner ses selles. Il peut s’agir notamment des critères suivants
- Avoir des antécédents médicaux tels qu’un problème digestif, des infections topiques, un syndrome de douleur chronique, des troubles métaboliques, des troubles psychiatriques ou des maladies auto-immunes
- Utilisation d’antibiotiques au cours des trois derniers mois
- Avoir la diarrhée
- Des antécédents familiaux de MICI ou de cancer digestif
- Antécédents personnels de cancer ou de chimiothérapie
- Voyage dans certaines régions du monde au cours des trois derniers mois
Le sang des donneurs potentiels est testé pour le virus de l’hépatite, le VIH, le virus Epstein-Barr, ainsi que pour les champignons. En outre, une numération globulaire complète, un bilan métabolique complet, un bilan de la fonction hépatique, la vitesse de sédimentation des érythrocytes et des tests de la protéine C réactive peuvent également être effectués.
Comme on peut s’en douter au vu de cette longue liste, de nombreux donneurs potentiels sont exclus.
Les normes rigoureuses permettent d’accepter aussi peu que 3 % des donneurs de selles.
Comment les selles des donateurs sont traitées
Une fois qu’un donneur est sélectionné et qu’un échantillon de selles est reçu, les selles sont ensuite testées de différentes manières.
Les selles sont d’abord inspectées visuellement et comparées au type de selles Bristol pour s’assurer qu’elles se trouvent dans une zone saine (et qu’elles ne sont ni trop dures ni trop molles). Les selles sont ensuite filtrées pour éliminer tout ce qui n’est pas à sa place, comme les aliments non digérés.
Des tests sont effectués pour s’assurer qu’elles ne contiennent pas de pathogènes viraux ou parasitaires, ainsi que des bactéries potentiellement dangereuses comme le C. difficile
. Les selles des donneurs peuvent également être testées pour voir ce qu’elles contiennent (par opposition à ce qu’elles ne contiennent pas). C’est-à-dire, quelles souches de bactéries présentes qui sont normales et/ou attendues dans les selles et combien il y en a dans un échantillon.
La mort suscite un avertissement de la FDA
Au-delà des tests, une série de mesures et de contrôles supplémentaires sont mis en place pour protéger les personnes qui recevraient les selles du donneur.
Des événements indésirables se sont produits même après tous ces tests rigoureux des donneurs et des selles. Dans un cas, une personne recevant une transplantation fécale est morte et on a découvert que les selles contenaient des E. coli
producteurs de bêta-lactamase à spectre étendu (ESBL). Une deuxième personne recevant les mêmes selles a également été infectée par la bactérie.
Le décès d’un patient recevant une transplantation fécale a incité la FDA à émettre un avertissement sur les risques de cette procédure. Dans une déclaration, la FDA a reconnu que les thérapies expérimentales sont importantes mais que les risques ne doivent pas être négligés.
Le Dr Nandi souligne que « le décès récent d’un patient post-TMI a été associé à des selles de donneur possédant un MDRO (organisme multirésistant aux médicaments) pathogène. Le statut du receveur en matière de MDRO serait inconnu, mais notamment, le donneur n’a pas fait l’objet d’un dépistage préalable. Cela aurait pu être évité ».
L’agence a ensuite recommandé aux médecins d’avertir leurs patients du risque d’infection par des organismes multirésistants et a réaffirmé son engagement en faveur de la protection et de la sécurité des patients.
Transplantations fécales pour diverses affections
Les chercheurs continuent à l’étudier car il semble prometteur. Dans la plupart des cas, les auteurs de l’étude préconisent des essais contrôlés randomisés qui permettront de comprendre comment ce traitement pourrait fonctionner et pour quels patients il pourrait être utile.
Pour les MICI
Des études ont été menées sur l’utilisation de la transplantation fécale pour le traitement de la maladie de Crohn et/ou de la colite ulcéreuse, mais elles n’ont pas encore démontré qu’il s’agissait d’une solution miracle. Cela ne veut pas dire qu’elles ne pourraient pas jouer un rôle dans une sorte de scénario de traitement à l’avenir : des études sont toujours en cours.
Pour l’instant, l’utilisation systématique de la transplantation fécale ne joue aucun rôle dans la gestion des MICI.
Il reste encore beaucoup à comprendre sur la manière dont les transplantations fécales affectent le microbiome, y compris les effets involontaires qui pourraient être nocifs.
Pour C. Difficile
Les transplantations fécales sont parfois utilisées dans le traitement des infections à C. difficile
. Cette bactérie se trouve normalement dans le côlon des personnes en bonne santé, avec des milliards d’autres bactéries.
Il arrive cependant que la composition de la bactérie soit déséquilibrée. Cela peut se produire pour plusieurs raisons, notamment un traitement aux antibiotiques, une modification du régime alimentaire ou un niveau de stress élevé.
La plupart du temps, la flore intestinale qui s’éloigne de son niveau normal ne va pas provoquer de maladie grave, bien qu’elle puisse provoquer des symptômes comme le ballonnement. Cependant, il peut arriver que le déséquilibre donne au C difficile
la possibilité de se développer de manière incontrôlée dans le tube digestif, surtout après qu’une personne ait reçu un traitement aux antibiotiques.
Les transplantations fécales se sont avérées efficaces dans le traitement d’une infection à C. difficile, et notamment de ce que l’on appelle une infection réfractaire pour laquelle les traitements conventionnels aux antibiotiques ne parviennent pas à éliminer la bactérie. Les patients atteints de ce type d’infection peuvent être gravement malades, et l’introduction d’un élément nocif dans leur corps pourrait avoir des conséquences importantes, y compris la mort. En fait, l’infection à C. difficile
a causé plus de 29 000 décès en 2011.
Même certains partisans de la transplantation fécale à faire soi-même recommandent de faire tester les selles du donneur avant de l’utiliser. Cependant, il n’existe aucun laboratoire à la disposition des consommateurs qui puisse tester les selles avec la rigueur des laboratoires qui fournissent les selles des donneurs aux médecins pour le traitement et les essais cliniques. Et, en fait, dans un cas au moins, même ces tests effectués dans un environnement clinique n’ont pas suffi pour trouver une bactérie qui s’est avérée nocive et qui a fini par causer un décès.
En outre, les laboratoires qui traitent les selles des donneurs pour les médecins disposent d’autres protections, comme la conservation des échantillons de selles envoyés afin de les rendre disponibles pour tout test ultérieur. En outre, les tests sanguins effectués sur les donneurs potentiels sont nombreux, pour ne pas dire coûteux, et ne seront pas couverts par l’assurance pour une transplantation à faire soi-même.
Comme l’indique le Dr Nandi, « des selles de donneur mal examinées peuvent transmettre des infections provoquant des poussées de MICI. Cela peut être évité si l’on utilise des protocoles académiques établis, mais il est très coûteux de le faire de manière indépendante, surtout pour le bricoleur ».
Les personnes qui vivent avec des troubles digestifs tels que les MICI ou le SCI sont confrontées à des défis importants dans leur vie quotidienne pour faire face aux symptômes, ce qui rend l’idée de la transplantation fécale attrayante. Il n’est pas surprenant que certaines personnes prennent les choses en main et se demandent probablement quel mal il y aurait à utiliser les selles d’un membre de la famille en bonne santé.
Cependant, les risques potentiels sont réels et graves, sans parler des effets involontaires qui pourraient se produire et qui ne mettraient pas la vie en danger, mais qui pourraient aggraver la détérioration de la santé d’une personne. Les transplantations fécales pourraient être utilisées à l’avenir pour traiter toutes sortes de maladies et d’affections, mais dans l’état actuel des choses, on n’en sait pas assez sur les bactéries de notre intestin.
Il est préférable de réserver ce traitement à ceux qui en ont vraiment besoin, dans un cadre médical.
Sources des articles (certains en anglais)
- Eiseman B B, Silen W, Bascom GS, Kauvar AJ. Lavement fécal comme adjuvant dans le traitement de l’entérocolite pseudomembraneuse. Chirurgie. 1958;44(5):854-859.
- Baxter M, Colville A. Adverse events in faecal microbiota transplant : a review of the literature. J Hosp Infect. 2016 Feb;92(2):117-27. doi:10.1016/j.jhin.2015.10.024
- Food and Drug Administration. Alerte de sécurité importante concernant l’utilisation de microbiote fécal pour la transplantation et le risque d’effets indésirables graves dus à la transmission d’organismes multirésistants aux médicaments. Publiée le 13 juin 2019.
- Food and Drug Administration des États-Unis. La FDA en bref : La FDA met en garde contre le risque potentiel d’infections graves causées par des organismes multirésistants aux médicaments, lié à l’utilisation expérimentale de microbiote fécal pour la transplantation. Publié le 13 juin 2019.
- Lessa FC, Mu Y, Bamberg WM, et al. Burden of Clostridium difficile infection in the United States. N Engl J Med. 2015;372(9):825-834. doi:10.1056/NEJMoa1408913
Lectures complémentaires
- Narula N, Kassam Z, Yuan Y, et al. Systematic Review and Meta-analysis: La transplantation de microbiote fécal pour le traitement de la colite ulcéreuse active. Inflammation de l’intestin. 2017;23(10):1702-1709. doi:10.1097/MIB.0000000000001228